Deprecated: Assigning the return value of new by reference is deprecated in xxx.php
PHP5.3以降では、「new の返り値を参照で代入すること」が非推奨となりました。
http://php.net/manual/ja/migration53.deprecated.php
正しい直し方は以下（ & を書かない）
$obj_md =& new MDB2();
↓
$obj_md = new MDB2();
でも修正量が膨大だと直すだけでも大変なので、手っ取り早くエラーを出さない、という方法もあります。
php.ini に
error_reporting=E_ALL&~(E_NOTICE|E_DEPRECATED)
と追記する方法です。
但し、PHPのバージョンが更に上がると、「Deprecated」（非推奨勧告）がエラーとなる可能性がありますので、早めにコードを直した方がよいです。